La Asociación Paraguaya de Fútbol vio la luz en la ciudad de Asunción el 18 de junio de 1906. Fue bautizada como "Liga Paraguaya de Football Association" y más tarde adoptaría el nombre de "Liga Paraguaya de Fútbol". El 23 de diciembre de 1998, modificó su denominación a la actual.

El periodista Adolfo Riquelme fue el primer presidente de la Liga, que organizó su primer campeonato en 1906. Olimpia, fundado el 25 de julio de 1902, es el primer club de fútbol del Paraguay.

El estilo de juego aguerrido y combativo del balompié guaraní es una marca registrada en todo el Mundo -especialmente tras la actuación en Francia 98- y uno de los más fuertes de Suramérica. Sus más grandes figuras a través del tiempo son Arsenio Erico y José Luis Chilavert, curiosamente ambos triunfadores en el fútbol argentino. El primero en los 30 y 40 en Independiente, siendo el mayor goleador de la historia de los campeonatos de AFA; el segundo actuó en Vélez Sarsfield, durante los 90, y revolucionó para siempre el puesto de arquero. Otros recordados astros surgidos de su patria son Aurélio González, Delfín Benítez Cáceres y Carlos Amarilla.

La APF posee en su haber varios títulos sudamericanos: las Copas América de 1953 y 1979, el Campeonato Juventud de América 1971 y el Campeonato Suramericano Preolímpico de 1992.